O curso será organizado de modo a viabilizar 04 (quatro) encontros por semestre, com aulas de todos os componentes curriculares ofertados no semestre em questão, totalizando 45 horas por encontro e 180 horas por semestre. Em síntese, os encontros terão duração de 01 (uma) semana (segunda à sábado) e com intervalo para o próximo encontro de um mês.
O curso de Mestrado Profissional em Ciências Ambientais selecionará, para ingresso anual, em torno de 16 alunos. O discente deverá cursar 2 (duas) disciplinas obrigatórias de 4 créditos/cada. Já para as disciplinas optativas serão atribuídos de 1 a 3 créditos. O estudante deverá totalizar 24 créditos (8 créditos nas duas disciplinas obrigatórias e 16 créditos em disciplinas optativas e atividades curriculares).
O Curso de Mestrado profissional em Ciências Ambientais terá duração mínima de 12 (doze) meses e duração máxima de 24 (vinte e quatro) meses. A equivalência hora-aula/crédito será de 15h/crédito. O curso funcionará em regime de alternância (Tempo-IF Baiano e Tempo-Ambiente Profissional).
Preferencialmente, o problema de pesquisa a ser investigado para construção do Trabalho de Conclusão de Curso (TCC) do discente será proveniente de observação em seu ambiente de trabalho. Alunos selecionados, que se caracterizam como recém-formado, ou que não estão atuando profissionalmente, poderão construir seu TCC no ambiente do IF Baiano, em conformidade com as linhas de pesquisa do Programa.
A metodologia de ensino será de aulas teóricas e práticas, reforçando o intercâmbio de experiências entre docentes, discentes e ambiente profissional. Perpassando todo curso, será dada ênfase a uma pedagogia interdisciplinar, que favoreça a aprendizagem por meio da pesquisa inovadora. As aulas serão ofertadas, preferencialmente, no Campus Serrinha onde estará alocada a coordenação do curso. Mas, poderão ocorrer aulas nas Instituições parceiras e/ou em outros campi que possuem docentes permanentes no curso.
O TCC poderá ser apresentado em diferentes formatos, tais como: dissertação; artigo; patente; registros de propriedade intelectual; projetos técnicos; publicações tecnológicas; desenvolvimento de aplicativos; materiais didáticos; desenvolvimento ou produção de instrumentos, equipamentos e kits; projetos de inovação tecnológica, dentre outros descrito no regimento do curso de MPCA.