A Pró-Reitoria de Pesquisa e Inovação (PROPES) é responsável pela política de desenvolvimento científico, tecnológico e Inovação no Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia Baiano (IF Baiano). Entre seus objetivos se incluem o apoio ao ensino em nível de Pós-Graduação Lato sensu e Stricto sensu, o fomento, a promoção e a realização de pesquisas básica e aplicada, com foco na integração entre docentes, estudantes e servidores no processo de construção multidisciplinar do conhecimento.

A regulamentação das atividades de inovação, o apoio ao desenvolvimento de protótipos, a propriedade intelectual de produtos e processos gerados no IF Baiano, como patentes, marcas, modelos de utilidade, desenho industrial, cultivares, programas de computador, bem como, a transferência de tecnologia ao mercado, integram ainda o portfólio de atribuições. A PROPES atua na prestação de serviços tecnológicos às empresas e no desenvolvimento de soluções científicas e tecnológicas, com foco a estender seus benefícios à sociedade com o intuito de promover a inclusão e o desenvolvimento social.